O Museu foi inaugurado no dia 05 de julho de 1978. Ele está instalado em uma casa residencial, antiga propriedade do ex-prefeito de Juazeiro - Miguel Siqueira. Mais tarde, ela foi vendida à Comissão do Vale do São Francisco (atual CODEVASF), que aí se instalou por alguns anos.
No dia 24 de junho de 1977, o Chefe da CODEVASF, DR. Nilo Peçanha, sob forma de comodato, cedeu este prédio à comunidade juazeirense, com o objetivo de usá-lo para Museu da Região.
Peças históricas formam seu acervo, visitá-lo é adquirir uma soma muito grande de conhecimentos.
Na administração Jorge Khoury, o Museu Regional do São Francisco passou por grande reforma em suas instalações.
LIVRO JUAZEIRO BAHIA - Maria Franca Pires (1988)
